Chez les patients avec une sonde à demeure, la collection ne doit pas se faire au niveau du sac collecteur du fait de la pullulation bactérienne. Il ne faut pas non plus déconnecter le système de drainage. ​

Le prélèvement se fait par ponction sur site spécifique de la sonde après clampage pendant au moins 10 min. Ensuite, désinfecter la zone dédiée au prélèvement à la Bétadine dermique puis ponctionner à l'aide d'une seringue montée d'une aiguille fine.

A l'occasion du changement de la sonde et de la poche collectrice, il est possible d'analyser les urines provenant de cette nouvelle poche ​

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